Po akcesji do Unii Europejskiej, Polska została zobligowana do skutecznej ochrony krajowych populacji zwierząt, roślin oraz siedlisk przyrodniczych, ważnych w skali europejskiej, wymienionych w tzw. dyrektywie ptasiej oraz dyrektywie siedliskowej. W 2006 roku zapoczątkowany został ogólnopolski system monitoringu elementów różnorodności biologicznej wskazanych ww. dyrektywach. W szóstym numerze Biuletynu przedstawiono podstawy monitoringu ptaków oraz monitoringu gatunków roślin i zwierząt oraz siedlisk przyrodniczych, a także wstępne wyniki tegoż monitoringu prowadzonego w latach 2006-2007.

Siódmy numer Biuletynu dedykowany jest dwóm programom wchodzącym w skład Państwowego Monitoringu Środowiska: monitoringowi lasów oraz monitoringowi gatunków i siedlisk przyrodniczych. W Biuletynie przedstawiono informacje o organizacji i funkcjonowaniu monitoringu lasów, który jest realizowany od 1989 r., a także o stanie zdrowotnym lasów w Polsce w 2008 roku. W odniesieniu do monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych przedstawiono podsumowanie wyników z pierwszego cyklu prac monitoringowych prowadzonych w latach 2006-2008, a także zaprezentowano pierwsze wyniki prac z drugiego cyklu, który rozpoczął się w 2009 roku.

Dziesiąty numer Biuletynu w całości poświęcony jest wynikom drugiego cyklu monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych prowadzonego w latach 2009-2011. W tym etapie monitoringiem objęto kolejne gatunki i siedliska przyrodnicze wymienione w załącznikach dyrektywy siedliskowej. W efekcie opracowano metodyki monitoringu i zebrano dane dla ok. 75% siedlisk przyrodniczych, 60% gatunków zwierząt oraz wszystkich gatunków roślin z dyrektywy siedliskowej, a także 10 gatunków roślin wymienionych w Polskiej czerwonej księdze roślin. W niniejszej publikacji zaprezentowano uzyskane wyniki oraz wnioski dotyczące ochrony monitorowanych gatunków i siedlisk przyrodniczych.

W 2013 roku Polska przekazała Komisji Europejskiej kolejne, drugie już sprawozdanie na temat postępów we wdrażaniu postanowień dyrektywy siedliskowej. Część sprawozdania stanowią pojedyncze raporty z oceną stanu ochrony siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt umieszczonych w załącznikach ww. dyrektywy. W niniejszym Biuletynie objaśniono zasady sporządzania raportów o stanie ochrony siedlisk i gatunków, przedstawiono informacje o źródłach i sposobie opracowania danych w raporcie z 2013 r., a także omówiono zmiany, jakie zaszły w zakresie i formacie raportowania, jak również w ocenach stanu ochrony, w stosunku do raportu z 2007 roku.

Kolejny numer Biuletynu jest już piątym zeszytem dedykowanym trwającemu od 2006 r. monitoringowi gatunków i siedlisk przyrodniczych. Niniejszy numer podsumowuje wyniki trzeciego cyklu monitoringu, obejmującego lata 2013-2014. W tym okresie przeprowadzono monitoring m.in. 18 typów siedlisk przyrodniczych i 18 gatunków zwierząt dotąd niemonitorowanych. Po raz pierwszy także powtórzono monitoring 20 typów siedlisk przyrodniczych, 36 gatunków roślin oraz 34 gatunków zwierząt, co zapoczątkowało etap badania trendów zmian w ocenach monitorowanych gatunków i siedlisk przyrodniczych.

Główną część szesnastego numeru Biuletynu stanowią syntetyczne podsumowania dotyczące stanu ochrony krajowych gatunków roślin i zwierząt, a także siedlisk przyrodniczych, których monitoring został ukończony w latach 2015-2016. W Biuletynie przedstawione są również informacje o najistotniejszych zagrożeniach oraz zalecanych działaniach ochronnych dla 28 gatunków zwierząt, 31 gatunków roślin, w tym 15 monitorowanych po raz pierwszy oraz 24 typów siedlisk przyrodniczych, w tym jednego dotąd niemonitorowanego.

Dziewiętnasty numer Biuletynu Monitoringu Przyrody poświęcony jest wynikom monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych z lat 2017-2018. W publikacji tej zawarto informacje dotyczące stanu ochrony 47 gatunków zwierząt oraz 32 taksonów roślin, a także 41 typów siedlisk przyrodniczych objętych monitoringiem w ramach Państwowego Monitoringu Środowiska. Zestaw prezentowanych danych obejmuje przede wszystkim oceny stanu ochrony poszczególnych gatunków i typów siedlisk, w większości uwzględnionych w załącznikach do dyrektywy siedliskowej, w regionach biogeograficznych, w których one występują oraz najczęściej stwierdzane na ich stanowiskach oddziaływania i zagrożenia, a także zalecane dla nich działania ochronne.