Głównym celem prowadzonego monitoringu przyrodniczego jest określenie stanu ochrony gatunków i siedlisk przyrodniczych na terenie wyróżnionych w kraju regionów biogeograficznych oraz dostarczenie danych umożliwiających opracowanie raportów o stanie ochrony typów siedlisk przyrodniczych i gatunków o znaczeniu europejskim, przekazywanych co 6 lat Komisji Europejskiej (KE). W raportach tych ocenia się zasięg, populację oraz siedliska gatunków, powierzchnię oraz strukturę i funkcję siedlisk przyrodniczych, a także określa negatywne oddziaływania i zagrożenia oraz prowadzone działania ochronne.  Przyjęto, że podobnych danych powinny dostarczać badania monitoringowe także dla innych, nie objętych wymogiem raportowania do KE siedlisk i gatunków, uznanych za zagrożone w Polsce.

Założeniem monitoringu siedlisk przyrodniczych i gatunków jest gromadzenie informacji pozwalającej na określenie ich aktualnego stanu ochrony w kontekście zmian zachodzących na skutek różnego rodzaju antropogenicznych i naturalnych oddziaływań i prognozowanych zagrożeń, a także dotychczasowych sposobów ochrony. W przypadku siedlisk przyrodniczych chodzi tu o stan i zmiany zachodzące w zasięgu ich występowania, zajmowanej powierzchni oraz strukturze i funkcji, a w przypadku gatunków - o stan i zmiany zachodzące w ich zasięgach, wielkości i strukturze populacji oraz powierzchni i jakości siedlisk, z którymi są związane.

Zgodnie z wymaganiami KE, stan ochrony dla siedlisk i gatunków o znaczeniu europejskim powinien być określany na poziomie regionów biogeograficznych i obszarów morskich (w Polsce wyróżnione są 3 regiony: kontynentalny, alpejski oraz morski obszar bałtycki ) w oparciu o informacje dotyczące stanowisk, zarówno objętych ochroną obszarową, jak i niechronionych. Ponieważ prawo polskie wymaga prowadzenia monitoringu tych siedlisk i gatunków w szczególności na poziomie obszarów Natura 2000, można założyć, że po określeniu ich stanu ochrony w planach ochrony lub planach zadań ochronnych oraz po zaplanowaniu w nich monitoringu dla obszaru, uzyskane w późniejszym okresie dane (zgodne z wypracowanym zakresem monitoringu) o siedliskach i gatunkach będą dostarczane (do instytucji koordynującej monitoring na poziomie krajowym) przez zarządzających tymi obszarami (dotychczas brak takich uregulowań prawnych, nikt nie jest zobowiązany do przekazywania tego typu danych do GIOŚ). Do czasu formalnego ustanowienia planów i wdrożenia w obszarach Natura 2000 systemu monitoringu i sposobu przekazywania danych, konieczne jest prowadzenia monitoringu na wybranych stanowiskach, na dotychczasowych zasadach, tzn. w oparciu o centralną instytucję koordynującą i wyznaczonych przez nią koordynatorów krajowych oraz ekspertów lokalnych.

Należy liczyć się z koniecznością dopracowywania metodyki dla monitorowanych jednostek – gatunków i siedlisk, a zwłaszcza weryfikacji proponowanych wstępnie waloryzacji wskaźników. Jedna, a nawet dwie serie obserwacji monitoringowych nie są bowiem wystarczające do ostatecznego ich ustalenia, zwłaszcza w przypadku gatunków o słabo poznanej biologii lub słabo poznanych siedlisk przyrodniczych.

Doświadczenia pierwszego okresu monitoringu, podczas którego powtarzano badania, wskazują także na możliwość optymalizacji listy wskaźników – obejmującej zarówno usuwanie wskaźników jak i dokładanie nowych, o ile istnieją przesłanki wskazujące na taką potrzebę.

Monitoring powinien być możliwie prosty; należy unikać nadmiernego rozszerzania jego zakresu, tak aby nie wkraczał w zakres badań autekologicznych, a przede wszystkim rejestrował zachodzące w populacji i siedlisku zmiany. Dotychczasowe doświadczenia wskazują, że dla pewnych gatunków i siedlisk w dalszym ciągu, monitoring powinien mieć charakter badań inwentaryzacyjnych, mających na celu ustalenie aktualności stanowisk gatunków i uszczegółowienie zasięgu siedlisk; jest to konieczne dla zebrania danych o wielkości i ewentualnych zmianach zasięgów gatunków i siedlisk.

Propozycja monitoringu na kolejne lata koncentruje się głównie na siedliskach i gatunkach o znaczeniu europejskim, choć niewątpliwie z punktu widzenia polskiej ochrony przyrody także inne siedliska, a przede wszystkim gatunki wymagałyby monitorowania. Jednak udźwignięcie samego tylko monitoringu siedlisk i gatunków objętych Dyrektywą Siedliskową będzie bardzo trudne, głównie ze względów finansowych. Dotyczy to zwłaszcza gatunków zwierząt, które są najliczniejszą grupą. Zaproponowano natomiast uzupełnienie listy monitorowanych gatunków roślin o wybrane, najbardziej zagrożone, spośród tych o kategoriach CR i EN (zgodnie z Polską czerwoną księgą roślin).

Niezależnie od standardowych prac monitoringowych na stanowiskach, dla wszystkich gatunków i siedlisk proponuje się gromadzenie dostępnej informacji z różnych źródeł (literatura, wyniki projektów badawczych, monitoring lokalny itp.) przez instytucję centralną, która także zajmowałaby się opracowywaniem tych danych pod kątem analiz przestrzennych dotyczących powierzchni siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków w makroskali (regiony biogeograficzne).