W pierwszym cyklu monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych zaplanowano badania monitoringowe o ograniczonym zakresie i zasięgu. Monitoringiem objęto przede wszystkim typy siedlisk i gatunki szczególnie ważne dla Wspólnoty Europejskiej, czyli tzw. siedliska i gatunki priorytetowe. Badania prowadzono na wybranych obszarach na terenie całej Polski, z których znaczną część stanowiły projektowane ówcześnie specjalne obszary ochrony siedlisk Natura 2000. Monitoringiem objęto 16 gatunków roślin, 20 gatunków zwierząt oraz 21 typów siedlisk przyrodniczych.
W przypadku gatunków roślin badania terenowe przeprowadzono na 123 stanowiskach. W ramach monitoringu zwierząt zbadano 772 stanowiska monitoringowe, a w ramach monitoringu siedlisk przyrodniczych przeprowadzono obserwacje terenowe na 1670 stanowiskach. Na niektórych stanowiskach monitoring został powtórzony w dwóch latach.
