Monitoring gatunków i siedlisk przyrodniczych jest zorganizowany na 3 poziomach: instytucja finansująca (Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej), instytucja zlecająca (Główny Inspektorat Ochrony Środowiska), wykonawca monitoringu (jednostka bądź konsorcjum jednostek realizujących zadania zlecone przez Główny Inspektorat Ochrony Środowiska). W każdym cyklu monitoringowym wykonawca monitoringu wyłaniany jest zgodnie z ustawą Prawo zamówień publicznych. Od 2015 roku każdy z komponentów monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych, tj. monitoring gatunków roślin, monitoring gatunków zwierząt oraz monitoring typów siedlisk przyrodniczych, realizowany jest w ramach odrębnego projektu i ma niezależnego wykonawcę. Każdy z wykonawców monitoringu powołuje kierownika i opiekuna projektu oraz wyznacza koordynatorów głównych i krajowych, a także ekspertów odpowiedzialnych za realizację poszczególnych zadań. Opis zadań realizowanych przez poszczególne jednostki przedstawiono na poniższym schemacie organizacyjnym.