W każdym cyklu monitoringowym wykonawca monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych wyłaniany jest zgodnie z ustawą Prawo zamówień publicznych. Do 2014 roku badania monitoringowe prowadził ten sam podmiot dla każdego z komponentów. Od 2015 roku każdy z komponentów monitoringu gatunków i siedlisk przyrodniczych, tj. monitoring gatunków roślin, monitoring gatunków zwierząt oraz monitoring siedlisk przyrodniczych, realizowany jest w ramach odrębnego projektu i ma niezależnego wykonawcę.
Wykonawcy monitoringu roślin
- KRAMEKO Sp. z o.o. – w cyklu 2015-2018, 2020-2021, 2023-2025
- Instytut Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk – w cyklu 2006-2008, 2009-2011, 2013-2014
Wykonawcy monitoringu zwierząt
- Instytut Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk – w cyklu 2006-2008, 2009-2011, 2013-2014, 2015-2018, 2020-2021, 2023-2025
Wykonawcy monitoringu siedlisk
- Konsorcjum w poniższym składzie – w cyklu 2015-2018, 2020-2021, 2023-2025
- Instytut Badawczy Leśnictwa
- Biuro Urządzania Lasu i Geodezji Leśnej
- Instytut Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk
- Instytut Ochrony Środowiska Państwowy Instytut Badawczy
- TAXUS IT Sp. z. o. o.
- Instytut Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk – w cyklu 2006-2008, 2009-2011, 2013-2014
